今次的Mario擁有了新的能力，就是可穿梭不同的次元空間，基本上遊戲以橫向平面捲軸的方式進行，玩者只須把遙控手掣橫持，便可以用十字掣和各按 鈕控制Mario移動和跳躍等動作，而當遇上危險或無法前進的情況時，便是Mario發揮「次元技」的時候了！玩者只要一按掣，Mario的視點便會從橫 向變成了立體，讓Mario避開的人，或者發現新的道路，繼續向終點進發。
借助同伴和精靈的力量來冒險
遊戲中Mario當然並非孤軍作戰，他的好友Peach公主和Kuppa大王也會隨著故事發展而成為可 使用的角色，他們各有不同的特長，例如Peach公主可以比Mario跳到更遠的距離，Kuppa大王則可以噴火球攻擊敵人等，除此之外Mario也會得 到一大班異世界精靈的幫忙，這些精靈每個均擁有特殊的能力，包括：
- 波姆多根：可以放出炸彈，破壞磚塊或障礙物。
- 安娜：有兩種特殊能力，牠會飛到有隱藏通道的地方，玩者要把遙控手掣當作電筒般照著畫面，便可找到隱藏通道的所在；另外在Mario攻擊敵人時，看準時機揮動遙控手掣的話，Mario更會做出各種雜技動作。
- 杜魯拿基爾：外型好像手掌般的精靈，可以抓住敵人或物件，再將之投擲出去。
- 納迪哥：可以變形成為箱子般的精靈，能載著Mario通過尖刺地板等平常時無法步行的地方。
- 基艾瑪斯：能令Mario消失，並且鑽進狹窄的罅隙中。
利用積分來提升LV
今次的Mario更加入了成長的元素，就是當分數到達一定數目之後，Mario的LV便會上升，他的攻擊力和HP值上限也會同時增加，這樣即使面對強勁也可以輕鬆地取勝了！
冒險的據點及娛樂場所遊戲除了主線的中心故事之外，也有其他有趣的元素，例如在冒險據點的哈扎姆鎮裡，便有著出售不同物品的商店，和可以玩到各式迷你遊戲的娛樂場所，玩者可以嘗試控制Kuppa大王在宇宙中游泳，或是使用Peach公主表演花式跳躍等，非常多樣化！
基本操作方法：
選單畫面移動游標 ：十字掣
決定 ：1掣
取消 ：2掣
遊戲中移動 ：←→
蹲下 ：↓
防禦 ：↓(只限Peach公主)
噴射火炎 ：↓(只限Kuppa大王)
談話 ：↑(接近其他角色時)
打開門扉或寶箱 ：↑
翻看對話內容 ：↑(談話時)
切換平面←→立體* ：A掣(只限Mario)
拉動說明文字 ：A掣
使用精靈 ：1掣
閱讀之後的訊息 ：1掣／2掣(訊息框出現★符號時)
打開雨傘滑翔 ：2掣(只限Peach公主)
跳躍 ：2掣
選擇道具 ：2掣
游泳 ：2掣
開啟快速選單 ：1掣+2掣
查看提示或角色解說：把遙控手掣指著畫面上可疑的地方或主角再按A掣
進入選單畫面 ：＋掣
進入操作畫面 ：－掣
*註：當畫面由2D切換成3D時，畫面右上方的變換計會徐徐減少，直至畫面回到2D為止，假如變換計耗盡的話，便會失去1點HP值。
儲存遊戲：每當主角到達儲存點或過版，均可以把遊戲的進度儲存，但要注意在Wii主機內至少要有1格以上的記憶體空間。
異常狀態：
特定敵人的攻擊會令主角陷入異常狀態，使主角出現各種不良的徵狀，玩者可使用治療的道具或搖晃遙控手掣讓主角回復正常，遊戲中出現的異常狀態有下列7種。
昏睡：在特定時間內無法行動。
凍結：在特定時間內無法行動。
中毒：在短時間內HP值會逐漸下降。
咒咀：只能以正常速度的一半移動。
特技咒咀：無法使用角色的特技。
過重咒咀：無法跳到高處。
方向咒咀：所有操作的方向均會顛倒。
主角介紹：- Mario - 最主要的特技就是按A掣把2D畫面變成3D。
- Peach公主 - 在跳躍中按著2掣，使可以在空中滑翔，此外按十字掣的↓，Peach公主則會打開雨傘來抵擋敵人的攻擊。
- Kuppa大王 - 移動時按十字掣的↓，Kuppa大王便會噴出火炎來攻擊敵人，但笨重的軀體卻影響了移動的速度。
精靈系統在選單畫面中選定想使用的精靈之後，再按A掣便可以使用精靈的特殊能力來協助主角。
精靈介紹：
- 杜魯拿基爾 - 按1掣便能令杜魯拿基爾抓起敵人或物件，再按1掣便可將之擲出去，用來攻擊或啟動一定距離外的機關，但要注意無法抓住有尖刺的東西。
- 波姆多根 - 按1掣會放下炸彈，再按1掣或等一會兒炸彈便會爆炸，可用來攻擊敵人或破壞障礙物。
選單畫面按＋掣或同時按1掣和2掣開啟選單畫面後，便可執行下面的指令：角色：更換所使用的角色或查看角色的狀態。
精靈：選擇已取得的精靈及使用其特殊能力。
道具：查看或使用所持有的道具，各種道具可在商店購買或打倒敵人後取得。
重要道具：查看或使用能幫助玩者過版或解謎的重要道具。
章節重溫：查看已完成的版面簡介，再按2掣則可看到詳細資料。
卡牌檢閱：查看現時手上持有的卡牌，卡牌上除了印有敵人等角色的資料之外，更可增加玩者攻擊這些角色時的攻擊力。
食譜檢閱：查看現時手上持有的食譜，讓你透過烹調來提升道具的效果。
地圖：從神秘商店購入所在版面的地圖之後，便可以按2掣來查看現在身處的位置，還有隱藏寶物的所在。
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